El Canal de Isabel II fue creado por acuerdo de la Presidencia del Consejo de Ministros del Gobierno de su Majestad, la Reina Isabel II, publicado en La Gaceta de Madrid el viernes 20 de junio de 1851, con el objetivo de proveer de aguas a Madrid. 

Hoy por hoy, el Ente Público Canal de Isabel II es una Empresa Pública de las previstas en el artículo 2 de la Ley 1/1984, de 19 de enero, reguladora de la Administración Institucional de la Comunidad de Madrid, que se configura como Entidad de Derecho Público, con personalidad jurídica propia.

La Ley 17/1984, de abastecimiento y saneamiento de agua de la Comunidad de Madrid, atribuye al Canal de Isabel II las funciones de explotación de los servicios de aducción, depuración y reutilización promovidos directamente o encomendados a la Comunidad de Madrid en todo el territorio de esta Comunidad Autónoma.

Desde el 27 de junio de 2012 el Ente Público Canal de Isabel II realiza sus funciones a través de la sociedad Canal de Isabel II Gestión, S.A. El Ente Público Canal de Isabel II mantendrá en todo caso la titularidad y el ejercicio de las potestades, y cuantos derechos y obligaciones se deriven de:

1. Las concesiones y autorizaciones sobre el dominio público hidráulico relacionadas con los servicios de abastecimiento, saneamiento y reutilización y aprovechamientos hidroeléctricos, tanto de las otorgadas como de las que se otorguen en el futuro, de acuerdo con la legislación aplicable.
2. Las potestades administrativas que corresponden a la Comunidad de Madrid en materia de aducción y depuración del agua, incluida la potestad sancionadora.
3. Los servicios de abastecimiento y saneamiento que presta en virtud de la Ley 17/1984, y de la restante normativa que le es de aplicación, sin perjuicio de su gestión a través de la sociedad Canal de Isabel II Gestión, S.A.
4. Las funciones relacionadas con los servicios hidráulicos que le hayan sido encomendadas por la Comunidad de Madrid, con base en los convenios formalizados con las Entidades locales de conformidad con el artículo 5.3 de la Ley 17/1984, para la asunción de las funciones que corresponden a las mismas, así como cualesquiera otros que pudieran celebrarse, sin perjuicio de la gestión a través de la sociedad Canal de Isabel II Gestión, S.A. 
5. Las restantes funciones relacionadas con los servicios hidráulicos que le sean encomendadas por la Comunidad de Madrid.