El sexto periodo abarca desde mediados de los años 50 hasta 1984, cuando el Canal de Isabel II se convierte en una empresa pública dependiente de la Comunidad de Madrid. En este periodo se aprobó el Decreto de 10 de agosto de 1954, mediante el cual el caudal total de la cuenca del río Lozoya y parte de los caudales de los ríos Jarama y Sorbe quedaron reservados para el abastecimiento de agua a Madrid.

Igualmente, en esta etapa se elaboró un nuevo plan de obras, en el que se planteó la construcción de un gran embalse para regular todo el río Lozoya, lo que años después se plasmaría en la construcción de la emblemática presa de El Atazar.

Asimismo, se adquirieron las acciones de la Sociedad Hidráulica Santillana, empresa generadora de energía eléctrica, y se inició la construcción de los Pozos Raney, primera experiencia de explotación de pozos subterráneos, sin olvidar la construcción de la primera estación de tratamiento, la ETAP de Torrelaguna.

Por último, en este periodo se amplió el ámbito territorial de actuación a los municipios de la Provincia de Madrid, hoy Comunidad Autónoma, y se dio inicio a la gestión integrada de abastecimiento y saneamiento, incluida la depuración de aguas residuales a través del Plan de Saneamiento Integral de la Comunidad de Madrid.