En el año 2000, Canal de Isabel II creó una fundación que lleva su nombre como muestra de su compromiso social con la Comunidad de Madrid, con la intención de devolver a sus ciudadanos parte de los beneficios obtenidos mediante la organización de actividades de interés general.

Tiene como misión principal, sensibilizar a la sociedad en la defensa del medio ambiente y del agua, mediante la organización y patrocinio de actividades artísticas, culturales, históricas, científicas y de investigación aplicada. La Fundación Canal trabaja con criterios de solidaridad y sin ánimo de lucro, y quiere facilitar la participación ciudadana en proyectos de Canal de Isabel II, bien directamente o a través de organizaciones similares con las que colabora.