
En 1985, el Canal de Isabel II comenzó a construir las Estaciones Depuradoras de Agua Regenerada (EDAR), programadas dentro del Plan Integral de Agua en Madrid. Las primeras actuaciones iban dirigidas a depurar el agua residual de los núcleos urbanos que vertían a los embalses y las grandes aglomeraciones con industrias importantes.
Así, el importante esfuerzo realizado permitió a la Empresa, en el año 2004, culminar con un ambicioso proyecto, el Plan Cien por Cien de Depuración, cuyo objetivo era alcanzar la depuración de todos los municipios del territorio de la Comunidad, anticipándose así a la fecha fijada por la Unión Europea.
Este proyecto, unido a la posterior firma de un convenio con el Ayuntamiento de Madrid, el Canal pasó a gestionar también las EDAR de la Capital, lo que supuso la asunción de la totalidad de la depuración en la Comunidad de Madrid.
Las 149 EDAR existentes en la actualidad, resultado del intenso esfuerzo inversor de los últimos años, han posibilitado una drástica reducción de la contaminación vertida a los ríos madrileños.