Canal de Isabel II gestiona 14 embalses con una capacidad máxima de almacenamiento de 946 millones de metros cúbicos. El de mayor capacidad es El Atazar, con 425 millones. Estas aportaciones se obtienen de 7 ríos de la Sierra del Guadarrama: Alberche, Guadarrama-Aulencia, Guadalix, Manzanares, Lozoya, Jarama y Sorbe. Así mismo, la Empresa dispone de 81 instalaciones de captación de aguas subterráneas con 6 zonas de extracción que incorporan los recursos extraídos de los acuíferos a las grandes conducciones y depósitos del sistema general de abastecimiento.

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